Ce courant d'énergie provient du principe du Yin et du Yang. Ainsi, il existe des zones vides d'énergie, Yin (état kyo), et des zones en excès d'énergie, Yang (état Jitsu). Le shiatsu agit sur ces zones en tonifiant les zones Kyo et en dispersant les zones Jitsu. Ainsi, il rétablit une circulation énergique harmonieuse.
Au début de chaque séance, le praticien effectue un « bilan énergétique » pour savoir d'où provient la mauvaise circulation énergique. Ce bilan se fait en plusieurs phases : observation, écoute du patient pour savoir si sa voix correspond à sa morphologie, ou contact tactile par la main.
Puis, le praticien effectue des pressions avec ses doigts, la paume de ses mains, son coude, son genou ou même son pied. Ces pressions sont faites sur des zones spécifiques des méridiens : les tsubos. Ils correspondent à des points d'acupuncture où le flux d'énergie peut être influencé.